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Goñi foi preso pela primeira vez em Agosto de 2008, juntamente com outro jovem da localidade navarra, Xabier Sagardoy. Ambos afirmaram ter sido brutalmente torturados nos cinco dias em que permaneceram incomunicáveis em poder da Guarda Civil.
Luis Goñi passou mais de três anos em prisão preventiva, em cadeias madrilenas e alicantinas, e foi posto em liberdade condicional. Em Julho de 2013, saiu a sentença que o condenava a ele e a Sagardoy a seis anos de cadeia.
Ambos decidiram esconder-se. Goñi acabou por aparecer a 13 de Outubro, tendo sido preso no muro popular formado na Praça Nabarreria, em Iruñea, depois de a Polícia carregar com violência sobre as centenas de pessoas que se juntaram para o apoiar. / Ver: ahotsa.info e topatu.eus