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Begoña foi assassinada pelo Exército salvadorenho, em El Salvador, no dia 10 de Setembro de 1990, com 24 anos de idade. Depois de acabar o curso de Medicina, foi para a Nicarágua, onde colaborou, como médica, no Hospital de Somoto; ali, decidiu ir para El Salvador, integrando-se numa coluna médica da Frente Farabundo Martí de Liberación Nacional (FMLN).
No dia 10 de Setembro de 1990 foi ferida e detida por membros da 2.ª Brigada do Exército salvadorenho, sendo depois executada extrajudicialmente - tal como vem registado no relatório da Comissão da Verdade das Nações Unidas para El Salvador, organismo criado pelos acordos de Paz de Chepultepeque, que puseram fim à guerra civil naquele país, em 1992, e que se encarregou da investigação das mais graves violações dos Direitos Humanos durante o conflito de El Salvador.
«Zorionak Gares! Justizia, Oroimena eta Egia. Begoña gogoan zaitugu!»
Fonte: gareskoauzalan.com via Sanduzelai Leningrado